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游憩是一个喜欢拼图和游戏的男孩，由于他天真、善良的性格，经常被同学欺负。一天，他砌好了从爷爷处得来的千年积木后，得到了黑暗力量。当他打开黑暗之门时，竟出现了另一个游憩。一直在玩游戏方面未尝败绩的游憩，某天与游戏天才，海马集团社长海马濑人，以大受欢迎的"魔法与巫术卡"决斗。经过两轮激战，游憩胜出，而海马则在决斗后受到惩罚，陷入昏睡状态。其后，创造"魔法与巫术卡"的天才游戏设计师柏伽索斯，得悉海马被击败后，便要挑战游憩。柏伽索斯与游憩一样，拥有千年道具。他持有的是能看透对手心思的"千年眼"，这道具赋予他"心灵透析"的力量。使他成为最强的决斗者。初尝败绩的游憩遭受惩罚，他的爷爷武藤双六的灵魂因而被封在电视画面中。柏伽索斯告诉游憩，若要令爷爷回复原状，游憩便要参加在"决斗者王国"进行的决斗。结伴同往"决斗者王国"的游憩，虽能逐一击退强敌，集齐规定数目的星章，但柏伽索斯早把大量刺客送进王国，恭候游憩……